Vào lúc Hoàng đế Zeno vừa qua đời năm 491, Anastasius khi ấy đang giữ chức lễ quan (silentiarius) quyền cao chức trọng trong triều, được sự ủng hộ của Hoàng hậu Ariadne, góa phụ của Zeno cùng đám triều thần thân tín đã nhất trí chọn ông lên ngôi Hoàng đế Đông La Mã hơn là vị hoàng thân Longinus bên nhà Zeno.[10]

Ariadne lập tức kết hôn với Anastasius 40 ngày sau khi làm lễ đăng quang vào ngày 20 tháng 5 năm 491.[10] Triều đại của ông lúc đầu thường xuyên bị xáo trộn bởi các cuộc chiến nội bộ lẫn ngoại bang và sự sao lãng tôn giáo, để rồi khởi đầu cho thời kỳ hưng thịnh của Đế quốc Đông La Mã sau này. Lên ngôi ở độ tuổi trung niên với nhiều kinh nghiệm chính trị nên Anastasius trị vì rất được lòng dân bằng những việc ích lợi như miễn giảm thuế má hợp lý, củng cố bộ máy chính quyền, tăng cường binh bị cùng khả năng điều hành chính sự của Đế quốc một cách tài tình, khiến cho Đế quốc Đông La Mã dần dần hồi phục thực lực và đạt đến đỉnh cao dưới thời Hoàng đế Justinianus I.